Niewielka miejscowość Klon, leżąca na pograniczu polsko-niemieckim, lokowana była w 1654 r. Mieszkańcy w swej większości do początku XX w. byli katolikami. Przez pierwsze dwa stulecia korzystali z posług religijnych po stronie polskiej, za kordonem. Po powstaniu parafii lesińskiej w 1856 r. opiekę duszpasterską nad mieszkańcami Klonu sprawowali duszpasterze z Lesin. Po wybudowaniu świątyni w Klonie w latach 1859-1860 niebawem wyodrębniono nowy okręg duszpasterski w Klonie. Pierwszym stałym duszpasterzem mianowano ks. Jana Hellera. Parafię erygował ks. bp Filip Krementz 23 lutego 1870 r. Nowo powstała parafia skupiała w swych granicach kilkadziesiąt miejscowości. Najliczniejsza grupa wiernych Kościoła rzymskokatolickiego mieszkała w Klonie, Rozogach i Wysokim Gruncie.
Z czasem parafia klonowska pomniejszyła się, ponieważ pod koniec lat pięćdziesiątych XX w. utworzono nowy okręg duszpasterski w Farynach. Kolejny podział parafii dokonał się w roku 1982, kiedy to powstały nowe parafie w Rozogach i w Gawrzyjałce. Najdłużej duszpasterzującym duchownym w dziejach parafii Klon był ks. Zbigniew Ostrowski (1982-2012). Od 1 lipca 2012 r. proboszczem w tej niewielkiej parafii mazurskiej jest ks. dr Krzysztof Salamon. Obecnie parafia Klonowska, skupiająca w swych granicach kilka miejscowości, liczy około 900 wiernych.