Do 2000 zast. redaktora nacz. mies. Innostrannaja litieratura. Akunin, nazywany ros. A. Conan Doyle’em lub U. Eco, jest twórcą popularnego cyklu powieściowego Przygody Erasta Fandorina (1999–2003, wyd. pol. 2003–05), obejmującego 12 utworów, określanych jako kryminały retro; ich akcja toczy się w ostatnim ćwierćwieczu XIX i pocz. XX w., każda powieść prezentuje inną odmianę gatunkową: od thrillera po romans łotrzykowski; utwory te cechuje aluzyjność i odwołania do ros. klasyki powieściowej, łączy je postać agenta policji do zadań specjalnych, ros. Sherlocka Holmesa, skrzyżowanego z bohaterem typu hr. Monte Christo; w drugim cyklu, na który składają się powieści Pelagia i biały buldog (2000, wyd. pol. 2004), Pelagia i czarny mnich (2002, wyd. pol. 2004), Pelagia i czerwony kogut (2003, wyd. pol. 2005) autor odwołuje się do wątków prozy N. Leskowa, F. Dostojewskiego i A. Czechowa, a rolę śledczego powierza młodej mniszce; akcja cyklu Prikluczenija magistra (Ałtyn-tołbas 2000, Wniekłasnoje cztienije 2002) toczy się współcześnie, lecz są w nim przywoływane sceny z XVII i XVIII w. Ponadto komedia Czajka (2000), będąca pastiszem sztuki Czechowa, Powieść szpiegowska (2006, wyd. pol.2006), której akcja toczy się w czasie II wojny świat., publicyst. opowiastki Skazki dla idiotow (2000), o życiu polit. XIX-wiecznej Rosji, monografia kulturologiczna Pisatiel i samoubijstwo (1999), zbiór esejów Opowieści cmentarne (2004, wyd. pol. 2006).