XV wiek. Hugo de Covarrubias postanawia porzucić los, jaki wyznaczył mu trudniący się handlem wełną ojciec. Opuszcza miasto Burgos, a przez to i Berenguelę, swą bliską przyjaciółkę, oraz ambitnego Damiána, przyrodniego brata, który pragnie przejąć rodzinny interes. Wszystko ulega zmianie, z chwilą gdy Hugo odkrywa, że jego ojciec padł ofiarą spisku. Aby ujść z życiem, chłopak salwuje się ucieczką i dołącza do załogi baskijskiego statku wielorybniczego. Na pokładzie poznaje Azerwana, z którym założy w Afryce dobrze prosperującą spółkę handlującą solą. Zemsta każe mu ponownie uciekać, tym razem w towarzystwie kobiety imieniem Ubajda i niezwykłego sokoła Ajlala, na spotkanie swego rzeczywistego przeznaczenia – pisane jest mu bowiem opanować sztukę tworzenia witraży.
Okna niebios to powieść przygodowa z wartką akcją i nieustannie zmieniającą się scenerią. Niestrudzony Hugo przemierza pustynie Północnej Afryki, niezbadaną Nową Fundlandię, a także najprężniejsze ośrodki miejskie ówczesnej Europy. Niemymi bohaterami powieści są katedry oraz zatopione w ich starych murach witraże, będące dla wiernych prawdziwymi oknami niebios.