La bioinformatique joue des rôles importants dans la recherche biologique et médicale. Elle s'intéresse au développement des outils pratiques pour la gestion des données et leur analyse. Les algorithmes utilisés dans le domaine de comparaison de séquences génétiques nécessitent des systèmes à grande puissance de traitement, d'où le défi de calcul à haute performance de ces applications. Nous présentons deux types de parallélisations, matérielle et logicielle, avec l'apport de leurs performances obtenues.