L'obiettivo del manuale è quello di fornire conoscenze pratiche sulla progettazione di farmaci in silico basata su ligandi e sullo screening della tossicità di molecole farmacologiche note. Spiega la preparazione di librerie di farmacofori di molecole di farmaci, lo screening virtuale e il docking (interazioni proteina-proteina e interazione proteina-molecole di piombo). Tutti i software utilizzati sono disponibili su server Web pubblici o possono essere scaricati gratuitamente per uso accademico. Il manuale segue un percorso logico a partire dalle nozioni di base utilizzate nella descrizione della selezione delle molecole guida in base alle loro proprietà terapeutiche e all'identificazione della somiglianza strutturale per la modifica chimica di gruppi specifici. Qui viene spiegato l'uso dei database di NCBI e PUBCHEM per la selezione dei ligandi e le loro proprietà fisico-chimiche. La preparazione di una libreria di migliaia di composti in base ai loro gruppi funzionali e lo screening della loro farmacologicità utilizzando vari strumenti bioinformatici. Il manuale si basa in parte sulla "preparazione della libreria, lo screening virtuale, la selezione delle molecole attive e il docking con la proteina bersaglio".