El tiburón ballena (Rhincodon typus) tiene una distribución epipelágica circumtropical. Presentan un ciclo de vida con estrategia K, haciéndolos vulnerables a una mala explotación. El conocimiento sobre su biología, ecología, y desarrollo es limitado, no permitiendo la implementación de una protección adecuada para su conservación. A finales de los 90´s las poblaciones en algunas localidades disminuyeron drásticamente por lo que en el 2000 fue declarado como especie vulnerable en la lista roja de la IUCN. Debido a que es un organismo altamente migratorio, para un adecuado manejo de la especie, es necesario establecer unidades de manejo, lo cual puede abordarse mediante genética poblacional. Se aislaron y caracterizaron microsatélites específicos para tiburón ballena y se emplearon para caracterizar la variabilidad genética poblacional a escala global. El análisis indica que en existen diferentes poblaciones de tiburón ballena a escala global. En México los lugares donde hay agregaciones de tiburón ballena son Isla Holbox y el Golfo de California, sin embargo se desconocen datos básicos poblacionales, por lo que se realizó línea base de investigación en ambas localidades.