Na początku 1965 roku Guevara wyjechał do Afryki, aby zaoferować swoją wiedzę i doświadczenie w walce partyzanckiej w trwającym w Kongo konflikcie. Guevara prowadził kubańską operację wsparcia ruchu marksistowskiego "Simba", który powstał w trakcie kryzysu w Kongo. Guevara i 12 innych kubańskich oficerów przybyło do Kongo 24 kwietnia 1965 roku. Wkrótce potem dołączył do nich kontyngent złożony ze 100 Afro-Kubańczyków.
Przez pewien czas współpracowali z partyzantką, na czele której stał Laurent-Désiré Kabila, zwolennik obalonego i zamordowanego prezydenta Patrice'a Lumumby. Kontyngent musiał walczyć zarówno z białymi najemnikami z RPA pod wodzą Mike'a Hoare, jak i armią rządową wierną dyktatorowi Mobutu Sese Seko. Celem Che było eksportowanie rewolucji poprzez szkolenie lokalnych bojowników w ideologii marksistowskiej i strategii wojny partyzanckiej.
Jeszcze w tym roku, 20 listopada 1965, w złym stanie zdrowia spowodowanym ostrą astmą oraz zniechęcony siedmioma miesiącami frustracji i braku aktywności, Guevara opuścił Kongo razem ze swoją 12-osobową kolumną.