Les chaînes logistiques représentent un avantage concurrentiel que les entreprises che rchent à pérenniser. Néanmoins, il n'est jamais aisé d'anticiper l'évolution d'une chaîne logistique, ni celle du contexte dans lequel se fait cette évolution. Par conséquent, intégrer les perturbations comme un paramètre dans l'étude de la chaîne peut permettre de limiter sa vulnérabilité. Les travaux de recherche présentés dans cette thèse, dans le cadre d'une coopération avec le département logistique d'EADS, portent sur la définition d'une approche de modélisation et de simulation orientée agents de cha înes logistiques dans un contexte à fortes perturbations (la chaîne logistique de gestion de crise). Cependant, travailler dans un milieu incertain, incite à se doter de mécanismes de coopération assurant la satisfaction de tous les acteurs de la chaîne, tout en agissant d'une façon collective pour atteindre un objectif commun: la gestion de crise. Pour résoudre ce type de problèmes, nous avons défini dans cette thèse deux modes d'interactions ainsi que des protocoles de négociation basés sur la coopération.